Juan Bautista Bustos nació en Santa María de Punilla, un 29 de agosto de 1779. Fue un destacado político y militar argentino, que luchó en la guerra de independencia y en las guerras civiles de la década de 1820. Y fue el primer gobernador constitucional de la Provincia de Córdoba.Comenzó a destacarse a nivel nacional en 1806, como capitán del cuerpo de milicias que marchó desde la ciudad de Córdoba para liberar a Buenos Aires de las Invasiones Inglesas.
Participó activamente en la Revolución de mayo de 1810, siendo uno de sus principales exponentes en el «interior». En abril de 1811 fue designado miembro del Tribunal de Seguridad Pública. Pero, al caer el sector que respondía a Cornelio Saavedra, fue apartado del mando militar.
Continuó su oficio de comerciante hasta fines de 1812, cuando – tras la caída del Primer Triunvirato — fue reincorporado al servicio activo y puesto al mando del Batallón de Infantería Nro. 2, alcanzando el grado de coronel.
En 1815 fue incorporado al Ejército del Norte y se convirtió en uno de los oficiales de confianza del general Manuel Belgrano, y alcanzó el grado de Coronel Mayor del Ejército Auxiliar del Perú, aunque no llegó a participar en ninguna de las campañas al Alto Perú.
Pese a su origen provinciano, al estallar los conflictos internos entre el Directorio y las provincias que aspiraban a mayores grados de autonomía, Bustos permaneció leal al primero.
En 1816 combatió contra el caudillo santiagueño Juan Francisco Borges, y en 1818 se enfrentó con el Brigadier Estanislao López, gobernador de Santa Fe, miembro de la Liga Federal y aliado de Artigas, que lo derrotó en Fraile Muerto (hoy Bell Ville, Córdoba).
En 1819 el gobierno de Buenos Aires intentó quebrar una vez más la Liga Federal y lanzó una campaña contra López. El 18 y 19 de febrero Bustos combatió contra López en la batalla de La Herradura (sobre el Río Tercero). El 10 de marzo se produjo un nuevo combate en Las Barrancas, Córdoba, en el que las fuerzas de López se impusieron sobre las de Buenos Aires. El 12 de abril se firmó un armisticio en San Lorenzo, cuyos efectos durarían pocos meses, pues en noviembre se reanudaron las hostilidades.
La última orden militar de Belgrano fue marchar sobre el santafesino López, enviando al Ejército del Norte al mando del entonces Coronel Mayor Francisco Fernández de la Cruz, llevando como segundo jefe a Bustos.
El 9 de enero de 1820, una parte sustancial del Ejército se sublevó en Arequito, Santa Fe. Este episodio es conocido como «Motín de Arequito», siendo su objetivo central apartar al ejército de la guerra civil. Para ello declararon depuesto a Fernández de la Cruz y se declararon neutrales en el enfrentamiento con el partido federal.
Bustos fue uno de los líderes, junto a su comprovinciano el coronel José María Paz, el coronel tucumano Alejandro Heredia y el teniente coronel Felipe Ibarra.
Bustos se encaminó a Córdoba, donde fue elegido gobernador en marzo de 1820. Habiendo adherido ya a la causa federal, procuró estrechar relaciones con el resto del país. Mantuvo fuertes vínculos con San Martín y con Güemes, y se reconcilió con López. Participó en una corta guerra civil contra el caudillo entrerriano Francisco Ramírez y contra el ex dictador chileno José Miguel Carrera, a quien derrotó en Cruz Alta.
Tuvo importante actuación en el Tratado de Benegas, del 24 de noviembre de 1820, al enviar diputados cordobeses que representaban a Córdoba y a las provincias de Cuyo y el Noroeste. Por dicho tratado se logró una tregua entre las provincias y se convino realizar un Congreso Nacional para enero de 1821, aunque esto último no pudo concretarse por la oposición de Buenos Aires, especialmente del ministro Bernardino Rivadavia; obstruccionismo que se consolidó con el Tratado Cuadilátero, de 1822, contra las intenciones de Bustos.
Tampoco pudo enviar mucha ayuda a la provincia de Salta, la única que seguía combatiendo contra los realistas. La escasa división que partió hacia allí, al mando de Alejandro Heredia, fue utilizada en la única guerra civil en que participó Güemes. Por su lado, el futuro general Paz se dedicó a combatir a Bustos.
Su base política en Córdoba eran la población rural, algunos sectores ganaderos, el bajo clero y grupos que habían formado parte del artiguismo. Realizó un gobierno progresista, con estabilidad y tolerancia para los opositores.
Al finalizar su mandato, en 1825, sus partidarios lo propusieron para la reelección. Pero la Legislatura, mediante una maniobra, impuso en el cargo a un político moderado de tendencia unitaria, José Julián Martínez. El artilugio despertó la ira de los partidarios de Bustos que, con el apoyo de los comandantes de campaña (comandantes de las milicias rurales) disolvieron la Legislatura y eligieron una nueva que el 30 de marzo de 1825 lo consagró nuevamente gobernador.
La postura federal sostenida por Bustos habría de chocar con las pretensiones centralistas del unitario Rivadavia, que desde Buenos Aires procuraba consolidar el poder central. Bustos ordenó destituir a los representantes cordobeses que habían apoyado la política unitaria en el Congreso General de 1824, y se negó a aceptar la Constitución de 1826.
Su prestigio y su buena administración lo habían convertido en el líder natural de las provincias; por lo tanto, será uno de los primeros objetivos de la reacción unitaria posterior al derrocamiento y asesinato de Dorrego. Así, el general José María Paz, el más hábil de los jefes militares unitarios, marchó sobre Córdoba. Bustos se retiró hacia la estancia San Roque. En ese sitio (hoy cubierto por las aguas del Lago San Roque), Paz lo atacó imprevistamente el 22 de abril de 1829 infligiéndole una completa derrota.
Bustos escapó hacia La Rioja para solicitar la ayuda de Quiroga; este organizó una fuerza para enfrentar a Paz con tropas de su provincia y milicias cordobesas comandadas por el propio Bustos. Unitarios y federales se enfrentaron en La Tablada (entonces un paraje aledaño a la ciudad de Córdoba, y hoy el barrio de Cerro de las Rosas de esa ciudad) el 22 y 23 de junio de 1829. El ejército unitario comandado por Paz, numéricamente inferior pero mucho más disciplinado, mejor pertrechado y con abrumadora superioridad de artillería y -sobre todo- dirigido por un extraordinario táctico-estratega, derrotó a los federales. Bustos combatió con extraordinaria valentía, pero al retirarse fue sorprendido por una patrulla unitaria en la costa del Río Primero. Para evitar ser capturado, Bustos se arrojó a las aguas con su caballo, recibiendo graves heridas al caer en el lecho del río.
Consiguió refugio entre los campesinos de la zona, y después de un par de días logró llegar a la ciudad de Santa Fe. Allí fue acogido por Estanislao López, que lo recibió cordialmente y le procuró todo tipo de cuidados. Pero su salud estaba afectada gravemente, y murió el 18 de septiembre de 1830.